心理咨询师证书的颁发机构主要有三种：中国心理卫生协会、中国教育科学研究院和北京师范大学。

1、中国心理卫生协会：中国心理卫生协会是从事心理健康服务的专业组织，他们颁发的心理咨询师证书，是由中国心理卫生协会核发的，这意味着该证书代表持证者已经通过了严格的考试和培训，并具备相关的专业知识和技能。

2、中国教育科学研究院：中国教育科学研究院是中国重要的科学研究机构之一，他们颁发的心理咨询师证书，是由中国教育科学研究院核发的，这意味着该证书代表持证者已经通过了由中国教育科学研究院举办的严格考试，并获得了相应的专业资格。

3、北京师范大学：北京师范大学是中国著名的高等学府之一，他们颁发的心理咨询师证书，是由北京师范大学核发的，这意味着该证书代表持证者已经通过了由北京师范大学举办的严格考试，并获得了相应的专业资格。

需要注意的是，以上只是在中国认可的几个主要的证书颁发机构，在其他国家和地区，还有其他一些认可的心理咨询师证书颁发机构，例如美国心理学会、英国心理学会等，选择获得何种心理咨询师证书，还需要根据个人的需求和情况来决定，对于心理咨询师来说，除了获得相关证书之外，还需要不断提升自己的专业素养和技术能力，才能更好地为人们提供专业的心理咨询服务。