中医针灸师的资格证书是由中国政府相关部门权威颁发的，在中国，这个颁发机构主要是国家卫生健康委员会（原为中华人民共和国卫生部），该部门是中国政府负责全国医疗卫生健康工作的主要行政机构，其职责之一就是制定和执行与医疗、预防、保健相关的政策法规，以及对各类医疗专业人员进行资质认证。

国家卫生健康委员会通过中国针灸学会等专业组织，对申请者进行严格的理论知识和实践技能考核，考试合格后，由国家卫生健康委员会颁发《中医执业医师资格证书》或者《中医助理医师资格证书》，这些证书是从事中医临床工作的合法凭证，包括针灸诊疗，地方卫生健康行政部门也会根据国家规定，对持证人进行注册管理，确保医疗服务的质量和安全。

还有一些非官方但被业界广泛认可的资格认证，如世界中医药学会联合会等国际性组织提供的相关证书，虽然不直接由政府部门颁发，但在全球范围内具有较高的影响力，也是许多海外中医从业者的重要资质证明。

中医针灸师证的颁发单位主要是国家卫生健康委员会，同时也受到行业组织的补充和认可，无论是哪种形式的证书，都是对中医针灸师专业能力的一种肯定，也是他们合法行医的必要条件。