在当前社会中，康复理疗师作为一项专业技能职业，其证书的重要性不言而喻，康复理疗师证哪个部门发的最好？这主要取决于认证机构的权威性、专业性和认可度。

在中国，康复理疗师的资格认证主要由国家卫生健康委员会（原卫生部）及其授权的机构进行颁发，中国康复医学会和中国针灸学会是两个重要的专业机构，它们组织的康复理疗师培训和考试得到了业界广泛的认可，这两个学会不仅拥有丰富的教育资源，而且他们的课程设置科学严谨，考核标准公正公平，由他们颁发的康复理疗师证书含金量极高，被行业内普遍接受。

人力资源和社会保障部也负责部分职业技能的鉴定工作，包括康复理疗师，通过该部门的职业技能鉴定并取得证书，同样具有很高的权威性，且在全国范围内通用。

选择哪种证书，还需根据个人职业规划和实际需求来定，如果你希望从事更偏重临床实践的工作，可能需要更多的医学背景知识，中国康复医学会或中国针灸学会的证书会更有帮助；如果你希望提升自己的就业竞争力，或者计划在公共医疗机构工作，人力资源和社会保障部的证书可能更具优势。

无论选择哪种途径，关键在于考取过程中能真正学到专业知识和技能，并能在实践中不断积累经验，这才是成为一名优秀康复理疗师的关键，持续学习，跟进行业最新动态，也是保持证书价值的重要方式。