心理咨询师证书是由多个部门颁发的，主要包括以下几个方面：

1、中国国家人力资源和社会保障部(原劳动和社会保障部):中国国家人力资源和社会保障部是负责全国职业资格证书制度的主管部门，负责心理咨询师证书的颁发，根据《国家职业资格证书制度》规定，心理咨询师证书分为三个等级：初级心理咨询师、中级心理咨询师和高级心理咨询师，持有相应等级证书的人员，可以在全国范围内从事心理咨询工作。

2、中国心理学会：中国心理学会是中国最具权威的心理学专业组织，负责对心理咨询师的专业培训和认证工作进行指导和管理，中国心理学会设立了心理咨询师专业委员会，负责组织和开展心理咨询师的培训、考试和认证工作，通过中国心理学会认证的心理咨询师，具有较高的专业水平和信誉。

3、各省、自治区、直辖市人力资源和社会保障厅(局):各省、自治区、直辖市人力资源和社会保障厅(局)在国家人力资源和社会保障部的指导下，负责本辖区内心理咨询师证书的颁发和管理，各地区根据实际情况，制定了相应的心理咨询师培训和考试制度，合格人员可获得地方性的心理咨询师证书。

4、各大高校和职业培训机构：为了满足社会对心理咨询人才的需求，各大高校和职业培训机构纷纷开设了心理咨询师专业的课程，培养具备专业知识和技能的心理咨询师，这些机构颁发的心理咨询师证书，通常具有一定的学术性和专业性，但在实际应用中，还需要通过国家人力资源和社会保障部或中国心理学会的认证，才能获得全国范围内的有效认可。

5、其他专业认证机构：除了上述部门外，还有一些专门从事职业资格证书认证的机构，如全国职业资格考试中心、全国计算机等级考试中心等，这些机构也会颁发一些与心理咨询相关的证书，但其权威性和认可度相对较低。

心理咨询师证书的颁发主要由国家人力资源和社会保障部、中国心理学会以及各省、自治区、直辖市人力资源和社会保障厅(局)等相关部门负责，各大高校和职业培训机构以及一些专业认证机构也参与了心理咨询师证书的颁发工作，在选择心理咨询师证书时，建议考生关注证书的颁发部门和权威性，以确保所获得的证书具有较高的认可度和实用性。