中医针灸理疗师证书的发放部门主要有两个，分别是国家中医药管理局和各省、自治区、直辖市中医药管理部门，这两个部门都是经过国家批准的，具有权威性和公信力，国家中医药管理局是全国性的中医药管理机构，负责制定和发布中医药行业的政策法规，对全国范围内的中医药行业进行统一管理和监督，而各省、自治区、直辖市中医药管理部门则是在国家中医药管理局的指导下，负责本地区的中医药管理工作，包括中医针灸理疗师证书的发放。

从发证数量来看，国家中医药管理局的发证数量相对较少，因为它主要是负责全国性的管理和监督工作，而各省、自治区、直辖市中医药管理部门则需要根据本地实际情况来发放证书，如果您想要获得更多的证书机会，可以考虑到各省、自治区、直辖市中医药管理部门去申请。

从发证标准来看，国家中医药管理局和各省、自治区、直辖市中医药管理部门都是按照同样的标准来发放证书的，这些标准主要包括申请人的学历背景、工作经验、技能水平等方面的要求，无论您选择哪个部门来申请中医针灸理疗师证书，只要符合相关的要求，都能够获得相应的证书。

无论是选择国家中医药管理局还是各省、自治区、直辖市中医药管理部门来发放中医针灸理疗师证书，都是可以的，建议您可以根据自己的实际情况和需求来做出选择，无论您选择哪个部门来申请证书，都需要注重自身的学习和实践能力，不断提高自己的技能水平和综合素质。