在选择中医康复理疗师证的部门时，我们需要考虑以下几个方面：

1、行业认可度：我们需要了解各个部门对于中医康复理疗师证的认可程度，卫生部、国家中医药管理局等政府部门颁发的证书具有较高的权威性和认可度，我们还可以关注一些行业协会和专业机构，如中国康复医学会、中华中医药学会等，这些组织对于中医康复理疗师的专业认证和培训往往更具权威性。

2、教学质量：我们需要关注各个部门的教学质量，在选择培训机构时，可以通过查阅网络评价、咨询已经获得证书的学员等方式，了解各个部门的教学水平和师资力量，我们还可以关注培训机构的课程设置、教学方法、实践环节等方面的情况，以确保能够获得全面、系统的中医康复理疗知识。

3、培训费用：我们需要关注各个部门的培训费用，政府部门颁发的证书费用相对较低，而行业协会和专业机构的培训费用可能会较高，在选择部门时，我们需要根据自己的实际情况和需求，合理安排培训费用。

4、证书有效期：我们还需要关注各个部门颁发的证书有效期，政府部门颁发的证书有效期较长，可以确保证书的实际价值，而行业协会和专业机构颁发的证书有效期可能较短，需要我们在使用时注意及时更新。

5、个人发展：我们还需要考虑中医康复理疗师证对于个人职业发展的帮助，在选择部门时，我们可以结合自己的兴趣爱好、职业规划等因素，选择更适合自己的证书，我们还可以关注各个部门对于中医康复理疗师的就业指导、实习机会等方面的支持，以提高自己的竞争力。

在选择中医康复理疗师证的部门时，我们需要综合考虑行业认可度、教学质量、培训费用、证书有效期以及个人发展等多个方面的因素，只有在充分了解各个部门的特点和优势后，我们才能做出更为明智的选择。